截止到2006年6月30日，各级安全监管部门已受理申请100052个，已颁发安全生产许可证91392个，颁证率83.5%。各地上报的审查不合格应关闭矿山总数为8752个，已提请地方人民政府实施关闭的有3075个，其中，已关闭1919个，尚未实施关闭的有1156个。
安监总局在这份《关于进一步推进全国非煤矿山安全生产许可工作的通知》中指出，安全许可工作存在的主要问题包括：(一)各地工作进展不平衡，部分省(区、市)没有在规定的时限内完成安全许可任务。目前仍有3389个安全生产许可证正在履行审查颁证程序。全国大量的尾矿库(含电厂灰渣库)因受具备相应资质的设计、评价单位比较缺乏等因素的影响，发证工作进展缓慢。
(二)部分省(区、市)在审核颁证过程中存在把关不严的现象。由于未严格审查标准、规范审批程序，致使个别不具备条件的非煤矿山企业取得了安全生产许可证。对已经取证的企业缺乏有效的监管，部分已取证的企业出现了放松管理、降低安全标准的现象。
(三)对未依法取得安全生产许可证的非煤矿山企业关闭工作仍存在着很大差距。全国仍有应关闭的5677个矿山尚未提请政府关闭；已提请地方政府关闭的，关闭工作进展缓慢；已实施关闭的矿山，部分达不到关闭标准，有的甚至死灰复燃。
(四)部分省(区、市)由于受采矿许可证到期、个别地区的砖瓦粘土矿山和部分地热、矿泉水等开发利用单位没有采矿许可证或产权不清等因素的影响，在安全许可中仍存在着一些悬而未决的问题，致使这部分矿山企业既无法取得安全生产许可证，又无法实施关闭。
(五)全国绝大部分省(区、市)未完全按照安全监管总局要求使用全国统一的非煤矿山安全生产许可证管理系统，未能及时报送许可证电子信息数据，部分省(区、市)颁证和应关闭的企业数据有漏报现象。
