“十二五”期间，全国环保系统将通过实施基础能力建设、农村环境整治、生态环境保护、污染综合治理、环境科技支撑和人才培训交流六项对口援疆工程，有针对性地解决新疆环境保护工作中面临的突出问题。
根据全国环保系统“十二五”对口援疆规划，环保部将通过采取加快我区基层环保监测和执法业务用房建设、加强环境监测能力建设、深化环境监察执法能力建设等措施，全面提升我区环保管理能力和水平。
在农村环境整治工程方面，环保部将在乌鲁木齐、昌吉州等经济发展较快区域，阿克苏地区、喀什地区、和田地区等生态环境脆弱和人口稠密地区，伊犁州、阿勒泰地区、塔城地区等生态环境重点保护区域，以城镇周边、村庄相对集中、环境问题突出的村庄作为重点，实施集中连片与分散治理相结合的农村环境综合整治示范工程，促进约1000个村庄环境得到有效改善，150万农民受益，占自治区农村人口的15%。
此外，环保部还将支持新疆引导和推动生态农业发展，建设一批国家有机产品生产示范基地；把乌鲁木齐城市群纳入重点区域大气污染联防联控“十二五”规划的重点范围，开展城市空气质量改善试点和示范。同时，实施干旱半干旱地区湖泊水环境综合治理与生态修复技术研究、示范等项目，为解决我区突出环境问题提供技术支持。
在人才培训交流方面，“十二五”期间，环保部将继续与自治区联合举办地县党政领导干部环保培训班，同时将兵团纳入培训班范围；每年为我区举办不少于120人次的环境应急管理培训和环境监察人员培训等，为我区环保事业发展提供人才支撑。
3月2日，自治区环保厅规划财务处副处长杨春说，“十二五”期间，环保部已将新疆列入“西部大开发资源开发与重点产业发展战略环境评价”主要区域，推动自治区经济、社会、环境协调发展；指导和支持我区建设废旧电器电子拆解基地、国家生态工业园和产业聚集区；支持新疆建立重大能源资源开发、自然保护区建设和重点流域的生态补偿机制；支持把新疆纳入国家重点生态功能区财政转移支付的重点地区。
